清华大学医学院成立于2001年，经过20年的建设，已经建立了强大的科研能力与专家团队和系统的学生培养体系，积极为“健康中国”的国家目标贡献成果与人才。著名医学科学家、两院院士吴阶平先生担任首任院长，生物物理学家赵南明教授、结构生物学家施一公院士、神经科学家鲁白教授、免疫学家董晨教授先后担任常务副院长。2016年9月，董晨教授担任医学院院长。2020年12月，祁海教授担任医学院院长。 　　

清华医学院下设基础医学系、临床医学院、生物医学工程系和公共健康研究中心，涵盖了分子与细胞生物学、免疫学、肿瘤生物学、传染病学、神经科学、生物医学工程学、公共健康学与临床医学八大学科。 在临床方面，清华大学华信医院、清华大学玉泉医院、北京清华长庚医院是我院的附属医院，解放军总医院（301医院）、北京医院、中日友好医院、北京积水潭医院和北京神经外科研究所（天坛医院神经外科）是我院的教学医院。

2016年12月，医学院下成立临床医学院，将进一步整合基础和临床教学资源，提升临床医学博士培养质量，建设住院医师、专科医师规范化培训基地。